В 1979 году Пригожин был приговорен к условному сроку по статье «кража», а с 1981 по 1990 год отбывал наказание в колонии-поселении по статьям «разбой», «мошенничество», «вовлечение несовершеннолетних в занятие проституцией». После освобождения из заключения Евгений Пригожин занялся продовольственным бизнесом — организовал продажу хот-догов, а затем стал управляющем первой в Санкт-Петербурге сетью частных продуктовых магазинов «Контраст». В период с 1996 по 1998 год Пригожин открыл ряд элитных ресторанов («Старая таможня», «Семь сорок», «Строгановский двор», «Русский китч», New Island). В 2001 году в ресторане New Island состоялся ужин Владимира Путина с президентом Франции Жаком Шираком, там же происходила встреча российского президента с Джорджем Бушем-младшим. В 2008 году Евгений Пригожин устраивал прием по случаю инаугурации Дмитрия Медведева. С 2002 по 2012 год Евгений Пригожин был владельцем сети быстрого питания «Блин! Дональт’s»*, на основе которой в 2010 году был создана фабрика «Конкорд — кулинарная линия». Общая стоимость проекта составила 53 млн долларов, при этом 43 млн были предоставлены государственным «Внешэкономбанком» в качестве кредита. На открытии фабрики лично присутствовал Владимир Путин. Через компанию «Конкорд» Пригожин осуществлял поставки готовых обедов в школы. В 2012 году компании, связанные с Евгением Пригожиным, получили более 90% заказов на организацию питания в воинских частях, при этом за два года компании Пригожина осуществили поставки в размере 92 миллиардов рублей. Помимо ресторанного и кейтерингового бизнеса, Евгений Пригожин также участвует в крупномасштабных строительных и медиапроектах. В сентябре 2013 года стало известно о существовании в Петербурге «фабрики троллей», сотрудники которой получали заработную плату за размещение комментариев в Интернете с критикой оппозиции и в поддержку власти. Согласно сведениям, опубликованным хакерской группой «Анонимный интернационал», финансирование этой деятельности осуществлялось через компании Евгения Пригожина. Согласно расследованию РБК, в 2014 году Пригожин создал и финансирует «Федеральное агентство новостей» — один из крупнейших медиахолдингов России. Пригожина также связывают с Дмитрием Уткиным — руководителем ЧВК «Вагнера», принимавшей участие в столкновениях на территориях ДНР и ЛНР в 2014–2015 гг., а также в сирийской кампании в период 2014–2017 гг. В 2016 году Евгений Пригожин был включен в санкционный список США. В 2018 году под американские санкции подпала также принадлежащая Пригожину компания «Европолис».